El argumento principal de Cowboy Bebop versa sobre un equipo de cazarrecompensas del futuro y sus aventuras por capturar fugitivos. Sin embargo, el hilo argumental se desvía en cada episodio para desarrollar cada uno de los personajes: trasfondo, motivaciones, personalidad, ambiciones, etc.

La ambientación futurista de la serie tiene toques cosmopolitas en sus escenarios aderezados por una banda sonora fuertemente inspirada en los movimientos de música jazz de los años 1940s, denominados bebop. Las escenas de acción son frecuentes, tanto en la forma de combates espaciales como en la forma de combates cuerpo a cuerpo. La coreografía y la animación de éstos últimos es un aspecto muy atractivo.

Argumento 

Transcurre el año 2071. La tripulación del Bebop, inicialmente compuesta por Spike Spiegel y Jet Black viaja por todo el Sistema Solar en busca de recompensas. 
A lo largo de sus aventuras se incorporan tres nuevos personajes a su tripulación: Faye Valentine, Ed y, la mascota, Ein. 
Durante sus aventuras se desvela la tortuosa relación entre el protagonista, Spike y su viejo camarada Vicious lo que conduce al desenlace de la serie. 
La relación de Spike con los demás coprotagonistas, y sus trasfondos, se dejan entrever en los capítulos intermedios de la serie. 

Trasfondo 

En el año 2021 se construyen una serie de puertas interestelares a lo largo del sistema solar, facilitando la creación de colonias en otros planetas y el comercio entre ellas. 
Una de estas puertas, muy cercana a la tierra, sufre cierta inestabilidad que deriva en una explosión de grandes proporciones. 
Esta explosión destroza literalmente la mitad de la luna y arrasa la superficie del planeta Tierra, matando a miles de millones de personas (tema tratado en la película "The Time Machine" basada en la novela de H.G. Wells). 
La mayoría de la población opta por emigrar a colonias en otros planetas. Los habitantes que deciden permanecer en el planeta se ven obligados a vivir bajo tierra debido a la caida constante de fragmentos lunares en la superficie de la tierra. Las colonias son: 

* Venus. 
* Marte. 
* Algunos asteroides habitables. 
* Lunas de Júpiter: Calisto, 
* Ganímedes y Europa 
* Una de las lunas de Saturno, Titán. 
Esta última ha sido escenario de una guerra desde el 2060. Penitenciaría de Plutón. 
La moneda universal de la galaxia es el hurón (en inglés, woolong). 

Personajes 

Spike Spiegel (personaje principal) 

Spike es un ex miembro del sindicato criminal Dragón Rojo que es perseguido por un antiguo triángulo amoroso entre su anterior compañero del sindicato, Vicious, y una misteriosa mujer llamada Julia. 

Jet Black (compañero de Spike) 

Es el mas "serio" de la banda, el que tiene mas experiencia y es el dueño de la nave "Bebop". 
Jet es un ex policía que perdió su brazo en una riña con un delincuente mientras ejercía su profesión. 
Dejó la organización por la cantidad de corrupción que en ella había. 
Sabe que Spike pertenecía a la mafia de los Dragones Rojos, pero nunca se mete en sus asuntos; sólo lo hace cuando piensa que está en peligro. Jet es el más demostrativo del grupo en cuanto a sus emociones. 

Faye Valentine (amiga de Spike, jugadora compulsiva) 

Una mujer amnésica que despertó de un letargo criogénico de 54 años luego de haber sido lastimada. 
Fue engañada y asume la deuda del hombre que la despertó, y constantemente intenta ganar el dinero en las apuestas para solucionar rápidamente su problema monetario. 
Su pasado y su nombre verdadero son un misterio (el nombre ‘Valentine’ le fue dado por un doctor), incluso para ella misma, y se va descubriendo progresivamente a través de la serie. 

Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV (hacker de la banda) 

Niña bastante rara; parece un niño. 
Ella es terrestre, vive vagando sin rumbo a donde la vida la lleve; Ed no se preocupa por el futuro ni por nada que para cualquier persona tenga sentido, ella sólo vive la vida hoy, en este segundo, por lo que es muy impulsiva. 
Su padre es igual que ella y se preocupa muy poco por el paradero de su hija, pese a que la quiere. 
Ed, de hecho, se crió en un orfanato terrestre organizado por una monja. 

Ein (perro de la banda) 

Ein, un Welsh Corgi y ex animal de laboratorio identificado como ‘perro de datos’ por los científicos que lo crearon. 
La terminología utilizada para este título nunca fue explicada, sin embargo, se sugirió que posee inteligencia superior (que supera inclusa a la de los humanos) ya que en el último capítulo aparece ‘hackeando’ una computadora con gran facilidad, mientras que los intentos previos de sus compañeros fracasaron. 
A pesar de su inteligencia superior, la tripulación de Bebop no capta estas cualidades. 
A menudo se lo muestra realizando hábitos propios de un perro normal, y generalmente se lo ve dando vueltas por la nave. 

Naves 

Bebop 

Nave, capitaneada por Jet, que da nombre a la serie y que sirve de centro neurálgico de las vidas de Spike, Faye, Ein, Ed y el propio Jet. Es bastante vieja y su vida ajetreada hace que este cada dos por tres averiada. Tiene cierto aire a la nave Nostromo de Alien el Octavo Pasajero. 

Swordfish II 

Piloto: Spike Spiegel 
Ancho: 13.3 metros 
Alto: 4.8 metros 
Largo: 13.8 metros 
Peso: 8.4 toneladas 
Armamento: Cañón de plasma 

Red Tail 

Piloto: Faye Valentine 
Ancho: 7.2 metros 
Alto: 5.4 metros 
Largo: 8.6 metros 
Peso: 7.2 toneladas 
Armamento: 2 Ametralladoras de 30mm y múltiples cañones capaces de disparar una gran variedad de misiles y granadas 

Hammerhead 

Piloto: Jet Black 
Ancho: 12.3 metros 
Alto: 7.7 metros 
Largo: 21.5 metros 
Peso: 15.3 toneladas 
Armamento: Brazo y garra mecánica; Ancla